KIさん、詳細で分かりやすい説明、感謝です。
新しいトピックで改善を要望しますね。

monokanoさんへ、
この記事のバグは解消されていると思われます。

管理者の投稿に記載の「InDesign で修正済みの問題」ページに、以下の記述があります。
「ユーザーエクスペリエンスの改善：同期オプションダイアログでオブジェクト、段落、または文字スタイルを選択すると、スウォッチが同期されます。」

つまり、オブジェクト、段落、または文字スタイルを同期する場合は、問答無用でスウォッチが同期される「仕様」ということだと思います。（改善よりも改悪ですね。同様に表およびセルスタイルも問答無用でスウォッチが同期される仕様のようです。）

オブジェクト、段落、または文字スタイルのオプションをオンにするとスウォッチのオプションが同時にオンになりますが、
仕様としてスウォッチの同期を解除できないにもかかわらず、スウォッチのオプションをオフにできます。
そのため、スウォッチのオプションをオフにしたのに同期されてしまうバグのように感じるのだと思います。

つまり、この記事とは別のバグと思われます。
・オブジェクト、段落、または文字スタイルの同期オプションをオンにした場合でも、スウォッチのオプションがアクティブになっていて、これをオフにできる
・これらのスタイルを同期する場合に、スウォッチの同期が必ず実行される仕様であるなら、同期オプションダイアログでこれらのスタイルの同期がオンの場合は、スウォッチのオプションはオンの状態で非アクティブである（グレーアウトされる）べきである

これをバグとして新たに投稿すべきかと思いましたが、スタイルに関連する色のみが同期される仕様に変更を希望するので、機能リクエストにアイデアを投稿しました。
（とはいえ、例えば、段落スタイルの同期をする場合に正規表現などで使われている文字スタイルが、文字スタイルの同期がオフの時には同期されないのと同様に、スウォッチの同期がオフの場合もスウォッチは同期されるべきではないと考えます。）

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I think this issue is fixed.
However, I don't want any colors that are not related to any of those styles to be synchronized.
So I posted an idea on Feature Requests.

> Only swatches used in object, paragraph, or character styles would be synchronized.
https://indesign.uservoice.com/forums/601021-adobe-indesign-feature-requests/suggestions/48689759-only-swatches-used-in-object-paragraph-or-charac

The test worked for me.
Colours and colours in colour groups are now synchronised as they should be. All colour groups are retained.
When deactivating the colour fields in the synchronisation options, synchronisation does not take place. Just as desired and expected.

The problem is still that you cannot deactivate the colours when paragraph, character or object style are activated.

Too bad, that would be great.

Apple Silicon
macOS Ventura 13.6.6
InDesign 2024 (19.5.0)

This bug was not fixed at all.

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Reproduction Steps

1-1. Create a new document "1.indd"
1-2. Add a new swatch "A"
1-3. Set swatch "A" to K100

2-1. Create a new document "2.indd"
2-2. Add a new swatch "A"
2-3. Set swatch "A" to C100

3-1. Create a new book
3-2. Add "1.indd" and "2.indd" to the book
3-3. Select "Synchronize Options..." from the book panel menu
3-4. Uncheck the swatch option
3-5. Press the Synchronize button
3-6. Synchronization is executed based on "1.indd"

If the bug were fixed, swatch "A" in "2.indd" should remain C100. However, the actual result is that it synchronizes to K100.

Any News here? The checkboxes still don't seem to do much in 2021.

Rainer! oh no!!!!

To me it looks like the whole synchronization needs to be fixed: I just tried to do like Heike did and even the paragraph styles were synchronized althoughIi unchecked the corresponding box.